巨大不明生物禍威獸（禍威獣（カイジュウ））接連於日本列島出現，牠們的存在已經變成日本的日常生活。自衛隊的一般武器完全無法應付，到達極限的日本政府防災廳，召集了禍威獸對策的專家，設立「禍威獸特設對策室」，簡稱禍特對（禍特対（カトクタイ）、SSSP）。一日，禍特對前往首都圏郊外，針對被稱為「涅羅剛」的7號禍威獸進行對策任務，就在此時，一位來自天空的銀色巨型外星人現身，並當場利用宇宙元素133的能量所發射出強力的光波熱線將涅羅剛消滅。[28]另一方面，當巨人飛來時，禍特對成員神永新二正在救護一名未能逃走的孩子，但在保護孩子免受衝擊時身亡。外星人在看到神永的自我犧牲後對人類產生興趣，並與神永合體。外星人根據需要使用「貝塔膠囊」變回神永，藉此作為禍特對的一員以此理解人類。隨後，外星人在對策8號禍威獸加博拉的任務中擊退了對方，禍特對透過考慮到人類的戰術分析，以及巨人離開時的一瞥推測：「巨大人型生物：超人力霸王（暫定）」是一個可以溝通的智慧生命體。
隨著超人力霸王的存在被公眾知曉，與日本政府接觸的外星人札拉布意圖利用宇宙文明的超高科技簽訂不平等條約，但其真正目的在於讓人類進入內戰狀態並自我毀滅。札拉布察覺到神永＝超人力霸王的干涉後，將其綁架並監禁，並向全世界泄露超人力霸王的真實身份是神永。此外，札拉布還偽裝成偽冒超人力霸王進行破壞行為，提議日本政府消滅超人力霸王。然而當淺見弘子察覺並救出的神永後，並在夜晚的六本木高空擊敗了札拉布。然而，因為身份暴露，神永在人類社會中失去了立足之地。
新接觸日本政府的外星人梅菲拉斯試圖透過貝塔系統對人類進行獨占管理，將其用作強大的生物武器。他捉住了淺見，並將其在丸之內巨大化作為貝塔系統的展示，並提議利用貝塔系統將人類巨大化，以此進行自衛來抵禦敵對外星人的入侵。他隨後日本政府達成一項密約，允許日本政府使用貝塔系統，作為回報，日本政府將認可他作為人類的上位存在。同時，梅菲拉斯與神永接觸，並揭示禍威獸的存在是被遺留在地球上被喚醒的生物武器，他自己放出這些禍威獸的目的是為了引誘超人力霸王。梅菲拉斯提議與超人力霸王在地球上合作，但神永拒絕外星人干涉地球文明，並在禍特對的協助下突襲貝塔系統的交接現場。梅菲拉斯在與超人力霸王的戰鬥中佔據上風，但當來自光之星的新使者到來時，他意識到地球的命運，於是收回貝塔系統並撤退。
從光之星到達的新使者佐非告知超人力霸王，由於超人力霸王與神永融合後，人類可以被轉化為生物武器的消息在宇宙中傳開，因此人類被視為危險的存在，將被消滅。他部署了用於摧毀天體的最終武器「傑頓」在地球的衛星軌道上，將連同地球和太陽系一起摧毀。神永向所有禍特對的成員告知傑頓的存在，並獨自一人挑戰傑頓，但他卻在傑頓強勁的武器系統中遭到擊敗，恢復神永的樣子並暫時昏迷。超人力霸王的敗退使政府人員陷入絕望，但發現神永留下的USB存儲器中記載了貝塔系統的基礎原理後。禍特對的滝明久召集世界各地的科學家，利用貝塔系統開發出一個計劃，通過製造次元裂縫將傑頓送往異次元。然而，這項計劃執行者也有被送往異次元的高風險，禍特對隊長田村君男對此猶豫不決，但甦醒的神永不畏懼自我犧牲，優先保護人類接受計劃。這場計劃最終成功執行，然而超人力霸王無法從次元裂縫中脫逃，最終被送往異次元。
在異次元漂流的超人力霸王面前，沿著他「想活下去」的意願，佐非出現了，佐非告知超人力霸王自己已經承認了人類的智慧和努力，決定停止殲滅人類。他試圖帶超人力霸王返回光之星，但超人力霸王對人類的未來感到擔憂，拒絕了佐非的提議，並請求將自己的生命賦予神永。佐非理解了他的意願，將超人力霸王和神永分離。下一刻，神永在禍特對的同伴們的迎接下醒來了。