参见：黠戛斯汗国
叶尼塞吉尔吉斯人最早出现在汉代叫鬲昆、坚昆，南北朝至唐代叫结骨、黠戛斯，他们与铁勒不同，他们一直生活在原地直到打败回纥建国，《唐会要》说他们黑发者为李陵苗裔与唐朝同宗，李陵曾被匈奴单于封为“右校王”与“丁灵王”卫律平起平坐。盖嘉运的《西域记》也说他们出售一种叫迦沙的陨铁给突厥。唐代曾经在该地置坚昆都督府属于燕然都护府，同时他们的统治者名阿热，自称出自李陵，所以唐中宗对黠戈斯使者说你我同宗于李陵，非他番比。一些唐代史籍把黑发者于李陵联系上，一些唐代史籍如《通典》则没有。
他们在打败回鹘汗国后建国，但没离原地。成吉思汗时期的林中百姓，投降蒙古帝国后，被并入谦谦州与益兰州。叶尼塞吉尔吉斯人则被分为几组。一些人留在原地，而另一些则被送往蒙古和中国。
15世纪，随着元朝的灭亡，瓦剌迅速崛起。作为叶尼塞吉尔吉斯人的近邻，他们之间的关系十分紧密。伯希和等学者认为《蒙古源流》中记载的组成四卫拉特之一的奇喇古特就是吉尔吉斯。并且因为奇喇古特部的首领乌格齐哈什哈及其儿子额色库都曾先后统治过整个卫拉特，他们遭到了绰罗斯首领们的疯狂报复。吉尔吉斯人的著名史诗《玛纳斯》中的记载则称“以前，在诺盖的时候，我们是卡尔梅克人的主人，但是，诺盖死后，统治者也先汗召集五万军队来打我们。他打败了柯尔克孜，血洗了我们的土地，驱散了诺盖所有支系的后代”。[1]